In 1999 stelde Honda de S2000 voor op het Autosalon van Genève als een enkele maanden te laat aangekomen geschenk aan zichzelf voor het vijftigjarige bestaan van het automerk (1948 Ő 1998). Eerder werd het model al eens subtiel gefacelift. Daarbij werden vooral enkele onvolkomenheden weggewerkt. Dit jaar bedacht de constructeur een moderner ogende koets en enkele technische aanpassingen.

De S2000 is slechts is één compleet uitgeruste uitvoering te krijgen voor een basisprijskaartje van € 37.680. Dat is inclusief leder voor de interieurbekleding, airco, radio-cd, elektrisch bediende kap en Xenonlampen. Metaalkleur is nog een optie van € 535.