Honda heeft de FR-V voorzien van zes plofkussens. Het gaat dan om twee frontale en laterale airbags vooraan, gecomplementeerd met gordijnairbags. De frontale passagiersairbag heeft een riant volume van 133l om ook de middelste inzittende te kunnen beschermen. . De twee frontale airbags worden in twee fasen opgeblazen. Verder beschikken de zes zitplaatsen over driepuntsveiligheidsgordels. Op de middelste voorstoel is de driepuntsgordel in de stoel geïntegreerd terwijl de gordel van de middelste achterstoel een dubbele sluiting heeft. De drie veiligheidsgordels van de voorste stoelenrij zijn voorzien van gordelspanners en spanningsbegrenzers. Voor de bestuurder is een gordel met dubbele spanningsbegrenzer voorzien. ISOFIX bevestigingspunten zijn er op de middelste zetel vooraan en de buitenste zitplaatsen achteraan. De actieve veiligheid staat op het actief van het ABS-systeem dat beschikt over een elektronische remkrachtverdeler. Stabiliteits- en tractiecontrole (Vehicle Stability Assist) is er steeds op de tweeliterversies, maar valt niet te krijgen voor de 1.7.