Lexus besteedde flink wat aandacht aan structuur van de CT200h. Zoals tegenwoordig gebruikelijk is, wordt daarbij in grote hoeveelheid gebruik gemaakt van staal met een hoge treksterkte. Kwestie van de botsbestendigheid te vergroten zonder het gewicht de pan uit te laten swingen. We merkten in de structuur onder meer de dikke deurprofielen en de aanwezigheid van een extra dwarsbalk achter de boordplank op. Beiden hebben tot nut de kracht van de impact zo veel mogelijk om het passagierscompartiment te leiden. Daarin wordt je standaard op alle plaatsen verankerd door driepuntsgordels (of Isofix-bevestigingspunten voor kinderzitjes in het geval van de allerkleinsten). Vooraan heb je ook nog het voordeel van zelfspanners met spankrachtbegrenzers en anti-whiplash hoofdsteunen. Bij een impact wordt je door liefst 8 airbags ingekapseld. De opsomming omvat frontale en laterale kussens vooraan, gordijnairbags én knie-airbags voor de bestuurder en passagier. Zijdelingse plofkussens achteraan zijn niet verkrijgbaar.
De actieve veiligheidsuitrusting bestaat uit een geavanceerd ABS-systeem en stabiliteitscontrole. Wie dieper in de buidel tast kan ook nog opteren voor het PCSS (Pre-Crash-Safety System). Dat is een primeur voor z'n segment. De installatie kijkt vooruit en houdt het gedrag van de bestuurder in de gaten. Wanneer de bestuurder reageert als in een panieksituatie zal het systeem de gordels preventief opspannen. Ziet een in de bumper gemonteerd radarsysteem een nakende aanrijding dan zal de bestuurder daar met een geluidssignaal op gewezen worden en desnoods remt de auto zelf af om de kracht van de impact te reduceren. Het systeem is eveneens combineerbaar met een radargestuurde snelheidsregelaar - vanzelfsprekend ook optioneel.
