Voor wat de diesels betreft is de 1.6 HDi met partikelfilter en 110 pk de instapmotor voor de 5008. Gevolgd door een manuele zesbak neemt hij genoegen met gemiddeld 5,4 l/100 km en laat 143 g/km CO2-uitstoot opmeten. Wij kregen echter de 2.0 HDI mee, met montere 150 pk onder de rechtervoet. Deze nieuwe krachtbron voldoet aan de Euro 5 milieunorm, is eveneens uitgerust met een partikelfilter en verbruikt theoretisch nauwelijks meer met gemiddeld 5,8 l/100 km. De CO2-uitstoot stijgt tot 154 g/km, wat niet bepaald fiscaal voordelig is. Peugeot heeft tevens een 163 pk krachtige versie toegevoegd aan de prijslijst, die dan wel gekoppeld zit aan een automatische zesbak en gemiddeld 6,8 l/100 km lust. De CO2-uitstoot loopt op tot 178 g/km, wat nogmaals bewijst dat deze koetswerkvorm en een automatische schakelmechaniek een uiterst nadelige invloed hebben op de uitstootwaarden.
De Peugeot 5008 met 2.0 HDI onder de kap toont zich bijzonder soepel. Al vanaf 1200 tr/min wil hij moeiteloos en zonder morren opklimmen, wat bovendien mooi lineair gebeurt. Stationair laat de motor wel een typisch dieselgeluid horen, maar tijdens het rijden heeft men daar aan boord geen hinder van. De 5008 schiet onder alle omstandigheid stil en vlot op. Wind- en rolgeluiden worden verregaand onderdrukt. De motor hoeft zich helemaal niet uit te sloven met dit koetswerk en dat laat zich aangenaam voelen. Ook de stuurinrichting helpt een handje met een communicatief en behoorlijk direct gedrag. De 5008 rijdt dan ook als een berline, zonder de voor monovolumers typische rolbewegingen. Niet minder belangrijk is de geslaagde harmonie tussen de comforteigenschappen en de rijstabiliteit.