Aan het koetswerk werd niet geraakt, maar de constructeur voert wel een aantal verbeteringen door. De CLK Coupé en Cabriolet zullen voortaan immers uitgerust worden met DIRECT CONTROL-technologie. Die bestaat uit aangepaste aslagers, een directer stuur, een aangepaste sturing van het ESP-systeem en kortere schakelbewegingen. Daardoor zou een nog dynamischere rijstijl mogelijk moeten worden zonder dat afbreuk wordt gedaan aan het rijcomfort.
Voor de modellen met een automatische versnellingsbak zullen er optioneel schakelknoppen aan het stuur leverbaar zijn. De CLK 500 zal binnenkort standaard uitgerust worden met de 7G-TRONIC zeventrapsautomaat. Daarmee spurt de Coupé naar 100km/u in 5,9sec. De Cabriolet doet die oefening in 6,1sec. De technologie zorgt tegelijk voor een reductie van het brandstofverbruik van 0,6l/100km.
De AMG-versie werd bedacht met een stuggere ophanging, een vijftrapsautomaat met een sportiever schakelprogramma, een sportiever klinkende uitlaatlijn en een grondige upgrade van het remsysteem. De vooras is voorzien van composietremmen met zwevende, inwendig geventileerde schijven in grijs gietijzer met een diameter van 340 millimeter. De remschijven zijn verbonden met een aluminium kom en zijn, ook dankzij de grote oppervlakken van het binnenwerk in de vaste zadels met zes zuigers, veel hittebestendiger. Op de achteras verzorgen 330 millimeter grote, inwendig geventileerde schijven met vaste zadels met vier zuigers de remkracht.
Een nieuwe lederachtige toplaag zorgt binnenin voor een betere kwaliteitsindruk. De middenconsole krijgt nieuwe drukknoppen en draaiknoppen voor de bediening van de airco. Tegelijk wordt de optielijst gevoelig aangepast. Er zijn nieuwe audio- en navigatiesystemen, Bixenon kloplampen, adaptieve bochtverlichting (Mercedes gebruikt de mistlichten) en ook run-flat banden zullen voor het eerst op de CLK verkrijgbaar zijn.
